La microbiologia della Fibrosi Cistica (FC) è nota come un’attività di nicchia all’interno del vasto panorama della diagnostica microbiologica. I microrganismi coinvolti in questa patologia polmonare sono in genere un numero molto ristretto di patogeni opportunisti che, viste le condizioni estreme dell’habitat di crescita (dovute al particolare microambiente costituito dal polmone FC, ma anche dall’enorme pressione selettiva esercitata dalla terapia antibiotica) hanno spesso caratteristiche particolari a causa di una serie di meccanismi di adattamento. Appare quindi chiaro che questa particolare branca della microbiologia diagnostica rappresenti una sfida per il microbiologo che deve contrastare i continui cambiamenti di scena imposti dall’adattamento di questi patogeni in grado di escogitare sempre nuovi espedienti per la sopravvivenza. Gli approcci tecnici con cui il microbiologo si avvicina a questo gruppo particolarmente difficile di patogeni polmonari dovranno essere specifici e costantemente aggiornati.

Protocollo pratico

TIPOLOGIA DEI CAMPIONI

Espettorato

L’espettorato è considerato il Gold-Standard per l’analisi microbiologica delle vie respiratorie in FC. Per i pazienti in grado di produrre espettorato, si raccomanda la raccolta del campione a distanza dal pasto, preferibilmente il mattino, previa esecuzione di un lavaggio orale con acqua sterile o soluzione fisiologica, con l’ausilio di uno spazzolino.

Lavaggio bronco alveolare (BAL)

Il BAL è la tipologia di prelievo che permette di isolare con maggiore precisione i microrganismi delle vie respiratorie profonde in quanto non contaminato, durante il prelievo, dalla flora batterica del cavo orale. Nonostante ciò, anche questa tipologia di campione non risulta essere rappresentativo del microbiota dell’intero polmone: inoltre essendo una procedura molto invasiva, la sua esecuzione è raccomandata solo in pazienti critici.

Aspirato nasofaringeo o ipofaringeo

Vista l’invasività e la difficoltà di eseguire di routine un BAL o un bronco-aspirato, per il monitoraggio microbiologico dei pazienti non espettoranti, è accettato l’aspirato naso/ipofaringeo, effettuato impiegando un sondino sterile.

Tampone faringeo

Nei pazienti non in grado di espettorare può essere utile praticare un tampone faringeo, tenendo conto che i risultati potrebbero avere una scarsa sensibilità. Tuttavia, se eseguito correttamente in seguito alla stimolazione di un colpo di tosse, può riflettere con una certa fedeltà il microbiota delle basse vie respiratorie. Per aumentare/migliorare la sensibilità e permettere una valutazione quantitativa dei microrganismi presenti nel campione, si consiglia l’utilizzo di tamponi floccati con terreno di trasporto liquido.

Lavaggio nasale

Nell’ ultimo decennio, lo studio delle fasi iniziali dell’infezione da P. aeruginosa e la messa a punto dei diversi protocolli di eradicazione del germe ha rappresentato uno dei principali campi di ricerca. Il ruolo delle vie aeree superiori in FC è stato recentemente rivalutato; in molti casi i seni paranasali rappresentano la sede anatomica di prima infezione e il reservoir per una successiva diffusione dei germi a livello polmonare. Inoltre, è ipotizzabile che le alte vie respiratorie rappresentino una nicchia nella quale si possa verificare il progressivo adattamento genetico di P. aeruginosa. Sulla base di tali evidenze, alcuni centri effettuano su tutti i pazienti lavaggi nasali e, quando necessario, una pulizia chirurgica dei seni paranasali. L’interesse dei ricercatori e dei clinici per la microbiologia dei seni paranasali sta aumentando in questi ultimi anni e l’analisi della loro colonizzazione può rivestire un’importanza chiave nello studio delle prime fasi dell’infezione, per il monitoraggio della terapia eradicante e nella valutazione dei meccanismi adattativi.

Conservazione dei campioni

Tutti i campioni devono essere consegnati al laboratorio in maniera tempestiva, e, qualora non fosse possibile una processazione immediata, si consiglia di conservarli a 4°C per il minor tempo possibile. Un ritardo nella fase pre-analitica può portare ad un isolamento sovra o sottostimato dei microrganismi “fastidious”, come S. pneumoniae ed H. influenzae. Nel caso il campione venga processato dopo un tempo prolungato di conservazione in frigorifero o di esposizione a temperatura ambiente si consiglia di riportare nel referto tale criticità.

Periodicità di esecuzione

Le indagini microbiologiche delle secrezioni respiratorie nei pazienti FC devono avere almeno cadenza trimestrale e devono essere sempre eseguite al momento di una riacutizzazione dell’infezione polmonare.

Osservazione microscopica

L’esame microscopico dei campioni di espettorato provenienti da pazienti FC non è ritenuto indispensabile: infatti tali pazienti presentano in genere un’espettorazione abbondante e purulenta, già indice di provenienza dalle basse vie respiratorie. È consigliabile, tuttavia, eseguire comunque la colorazione con Gram o con Blu di Metilene di un preparato per la reale valutazione dell’idoneità del campione e riportare una nota nel referto. L’esame microscopico mediante colorazione di Gram è anche utile per una prima valutazione della flora microbica presente nel campione.